El primitivo monasterio de Rioseco, Rioseco el "Viejo", estuvo hasta comienzos del siglo XIII un poco más al norte del lugar en el que se construyó el nuevo monasterio a partir del siglo XIII. La iglesia conventual del antiguo monasterio, que aparece en la documentación como Santa María de Suso y de la que todavía quedan algunas ruinas, quedó dentro de la heredad del nuevo monasterio en donde éste tenía sus parrales, por lo que andando el tiempo fue conocida como la iglesia de Nuestra Señora de Parrales.

Hasta el año 1171 no hay noticias del monasterio de Rioseco, pero existe un documento de esta fecha según el cual el monasterio de "Sancta Maria de Riuo Sicco", monasterio de propiedad particular o "proprium monasterium" perteneciente a los hijos de un tal Martino Martini de Uizozes, fue donado a la comunidad cisterciense de Quintana Suuar (Quintanajuar). Esta comunidad cisterciense se trasladó a finales del siglo XII a San Cipriano de Montes de Oca, en La Rioja, pero pocos años después, al parecer en el año 1204 y de una forma bastante irregular, en contra de la voluntad del monarca castellano Alfonso VIII y sin permiso del Capítulo General de la orden cisterciense, se establecieron en el antiguo monasterio de Rioseco que habían recibido como donación en 1171.

A partir de su instalación en Rioseco, la comunidad cisterciense dirige todas sus operaciones de compras e intercambios de tierras a la formación de un coto redondo en torno al monasterio hasta conseguir un amplio dominio territorial.

Hay noticia de una importante inundación en el año 1216 que debió de ocasionar graves destrozos en el monasterio de Rioseco. Este hecho indujo a la comunidad cisterciense a la búsqueda de un nuevo emplazamiento en un pequeño altozano muy próximo al viejo monasterio iniciando la nueva construcción inmediatamente para trasladarse, esta vez con permiso del Capítulo General, al nuevo monasterio hacia el año 1236.